這是因為綠肥在分解過程中產生的有害作用有如下幾點。
一是綠肥在分解時需要消耗大量的水分，如在干旱季節或干旱土壤施用綠肥，施后往往易使作物因缺水而呈枯萎狀態。
二是綠肥在分解過程中會產生某些有害的有機酸等物質，并容易使土壤缺氧，影響種子發芽和根系的生長，特別是幼苗根系的生長。水生蔬菜田施用過多的綠肥，常使水生蔬菜在生育初期，導致葉色發黃，根部生長受阻，嚴重時根系發黑腐爛，綠肥施后的2周內容易對作物產生毒害，應引起注意。
三是在綠肥分解過程中，微生物需要吸收一定氮來組成它自身的細胞體，因此可能發生微生物與作物爭氮的現象，致使作物得不到足夠的氮。
因此，綠肥用量不宜過大，特別是排水不良的水生蔬菜尤應該注意控制用量，提高翻耕質量，犁翻后精耕細耙，形成土肥相融，有利于綠肥分解。配合施用石灰，加強綠肥分解。若已出現中毒性發僵時，每畝可施用石膏粉1.5-2.5千克。